Legenda
yang terkandung dalam goa itu pun berpadu dengan kepercayaan dan perkiraan
sejarah. Lihat, misalnya, dua buah batu di mushala sebelum pintu keluar goa.
Jika diamati, kedua patung tersebut mirip dengan bentuk singa.
"Dipercaya,
kedua singa ini diperintahkan untuk menjaga goa," kata Soekaton. Di depan
musholla terdapat ruang yang sangat luas yang dikenal sebagai Paseban Para
Wali, atau tempat para wali menyampaikan fatwa dan ajaran agama. Paseban itu
mirip ruang pertemuan. Stalagtit dan stalagmit juga seakan menjadi hiasan
ruangan. Itu ditambah dengan adanya batu-batu besar yang terletak di bagian
depan ruang, seakan menjadi podium bagi pembicara.
Ada
pula batu yang disebut Gamping Watu Nogo yang dipercaya sebagai tempat
pertapaan Sunan Kalijogo. Di bawah batu yang menjorok ke depan itu terdapat
kolam. Diceritakan, kolam itu kadang bergolak dan mengepulkan asap, seakan ada
dua ekor naga di dalamnya. Di pojok mushala juga terdapat sebuah ceruk yang
diberi lampu berwarna merah.
Menurut
cerita, selain tapak Sunan Kalijogo dan Sunan Bonang, ada Sunan Bejagung yang
juga pernah bertapa di goa ini. Dalam cerita rakyat, Sunan Bejagung awalnya
adalah petani biasa yang suka menanam jagung. Namun, ia memiliki kesaktian
lebih. Setiap siang ia tak nampak dalam goa. Pada saat itu ia telah berada di
Mekah untuk membantu menyalakan pelita.
Goa
ini juga memiliki sumber air alami. Sumber air yang diberi nama Kedung Tirta
Agung tersebut, menurutnya, airnya baru mengalir deras selepas tahun 1999. Di
malam takbiran itu, Bupati Tuban mengadakan syukuran di dekat sumber mata air
sambil membawa ayam hitam. Tiba-tiba air mengucur deras. Hingga kini, air
tersebut diyakini memiliki khasiat, baik untuk kesehatan maupun untuk kekuatan.